Bioinformatician for WGS data analysis in the field of AMR - DTU Food

¿Tienes experiencia en el control de calidad de datos de secuenciación de genoma completo (WGS) de aislamientos bacterianos y estás ansioso por contribuir a investigaciones innovadoras en genómica y resistencia a los antimicrobianos (AMR)? Si es así, ¡el Grupo de Investigación para la Creación de Capacidades Globales (GloCaB) en DTU Food quiere saber de ti!

Como laboratorio de referencia para AMR en colaboración con la UE, la OMS y la FAO, GloCaB ofrece:

• Servicios de asesoría a laboratorios nacionales de referencia, autoridades, instituciones y agencias internacionales
• Verificación de pruebas de susceptibilidad antimicrobiana fenotípica y genotípica
• Planes de Garantía de Calidad Externa (EQA) y pruebas de competencia genómica (PT)

Trabajamos globalmente con investigadores, clínicos, veterinarios y laboratorios de alimentos, apoyándolos con WGS, análisis genómico y experiencia en AMR. Estamos comprometidos con la creación de capacidad para la vigilancia de AMR en países de ingresos bajos y medianos.

Como nuestro nuevo bioinformático, tú:

• Construirás y mantendrás pipelines en un clúster HPC, ampliando los actuales para tecnología de lectura corta (Illumina) e incluyendo tecnología de lectura larga (Oxford Nanopore)
• Manejarás y analizarás datos de WGS y metagenómica (ocasionalmente)
• Organizarás el análisis de datos, escribirás informes/manuscritos y producirás gráficos resumen
• Presentarás resultados a diversas audiencias
• Evaluarás la calidad de datos de WGS para y desde EQAs y PTs genómicos
• Evaluarás herramientas para el análisis de WGS
• Proveerás soporte bioinformático para genomas de un solo aislamiento y anotación de AMR
• Apoyarás y asistirás en la organización de sesiones de capacitación en persona y en línea en WGS
• Viajarás ocasionalmente según sea requerido

Para calificar para esta emocionante oportunidad, debes tener:

• Un título de maestría en bioinformática o equivalente
• Fuerte formación en microbiología, biología molecular, genética y genómica
• Experiencia documentada en WGS de aislamientos bacterianos y análisis bioinformático
• Pericia en el control de calidad de datos de secuenciación de segunda y tercera generación
• Competencia en gestión de datos, visualización y análisis estadístico
• Experiencia en AMR bacteriano, incluyendo anotación y tipificación de genes
• Experiencia trabajando en clústeres HPC, preferiblemente Computerome
• Competencia en Bash, R o Python y entornos Unix
• Experiencia proporcionando soporte bioinformático y formación a no-bioinformáticos
• Habilidad para planificar y ejecutar tareas complejas dentro de requerimientos formales y plazos
• Fuertes habilidades de comunicación, fluidez en inglés (oral y escrito)
• Familiaridad con datos metagenómicos y técnicas de aprendizaje automático (preferido pero no esencial)

DTU es una universidad técnica reconocida globalmente por su investigación, educación, innovación y asesoramiento científico. Ofrecemos:

• Un trabajo gratificante y desafiante en un entorno internacional
• La oportunidad de trabajar con colegas expertos
• Un entorno caracterizado por respeto colegial y libertad académica con responsabilidad

Infórmate más sobre DTU en www.food.dtu.dk y nuestro grupo de investigación en GloCaB Research Group.

El nombramiento se basará en el acuerdo colectivo con la Confederación Danesa de Asociaciones Profesionales (AC). Estarás empleado como Oficial Académico o Senior.