Bioinformatician for WGS data analysis in the field of AMR - DTU Food

Êtes-vous expérimenté dans le contrôle de qualité des données de séquençage complet du génome (WGS) à partir d'isolats bactériens et désireux de contribuer à une recherche révolutionnaire en génomique et résistance aux antimicrobiens (AMR) ? Si oui, le Groupe de Recherche pour le Renforcement des Capacités Globales (GloCaB) de DTU Food veut entendre parler de vous !

En tant que laboratoire de référence pour l'AMR en collaboration avec l'UE, l'OMS et la FAO, GloCaB fournit :

• Des services de conseil aux laboratoires de référence nationaux, autorités, institutions internationales et agences
• Vérification des tests de sensibilité antimicrobienne phénotypique et génotypique
• Des schémas de garantie de qualité externe (EQA) et de test de compétence génomique (PT)

Nous travaillons mondialement avec des chercheurs, des cliniciens, des vétérinaires et des laboratoires alimentaires, les soutenant avec WGS, l'analyse génomique et l'expertise en AMR. Nous nous engageons à renforcer les capacités de surveillance de l'AMR dans les pays à revenu faible et intermédiaire.

En tant que notre nouveau bioinformaticien, vous :

• Construirez et maintiendrez des pipelines sur un cluster HPC, en étendant ceux existants pour la technologie à lecture courte (Illumina) et en incluant la technologie à longes lectures (Oxford Nanopore)
• Manipulerez et analyserez les données WGS et occasionnellement de métagénomique
• Organiserez l'analyse des données, rédigerez des rapports/manuscrits et produirez des résumés graphiques
• Présenterez les résultats à divers publics
• Évaluerez la qualité des données WGS pour et à partir des EQAs et des PTs génomiques
• Comparerez les outils d'analyse WGS
• Fournirez un support bioinformatique pour les génomes d'isolats individuels et l'annotation AMR
• Soutiendrez et aiderez à organiser des sessions de formation en personne et en ligne sur le WGS
• Voyagerez occasionnellement selon les besoins

Pour être qualifié pour cette opportunité passionnante, vous devez :

• Avoir un diplôme de master en bioinformatique ou équivalent
• Posséder de solides bases en microbiologie, biologie moléculaire, génétique et génomique
• Avoir une expérience documentée en WGS d'isolats bactériens et analyse bioinformatique
• Maîtriser le contrôle de qualité des données de séquençage de nouvelle et troisième génération
• Avoir des compétences en gestion de données, visualisation et analyse statistique
• Posséder une expérience en AMR bactérienne, y compris l'annotation des gènes et le typage
• Avoir de l'expérience avec les clusters HPC, de préférence Computerome
• Maîtriser Bash, R ou Python et les environnements Unix
• Avoir une expérience dans la fourniture de support bioinformatique et de formation à des non-bioinformaticiens
• Être capable de planifier et exécuter des tâches complexes dans des délais et des exigences formelles
• Avoir de fortes compétences en communication, avec une maîtrise de l'anglais (oral et écrit)
• Être familier avec les données métagénomiques et les techniques d'apprentissage automatique (préféré mais non essentiel)

DTU est une université technique mondialement reconnue pour la recherche, l'éducation, l'innovation et les conseils scientifiques. Nous offrons :

• Un travail gratifiant et stimulant dans un environnement international
• L'opportunité de travailler avec des collègues experts
• Un environnement caractérisé par le respect collégial et la liberté académique avec responsabilité

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