Software Engineer - Royer Group

Chan Zuckerberg Biohub San Francisco (CZ Biohub SF) — это новаторский, независимый некоммерческий исследовательский институт. Мы объединяем опыт Стэнфорда, Калифорнийского университета в Беркли и Калифорнийского университета в Сан-Франциско, чтобы поддерживать инновационные технологии и передовые открытия. Наша миссия - поддерживать ведущих инженеров, специалистов по данным и биомедицинских исследователей в раскрытии механизмов болезней и разработке революционных диагностических и терапевтических методов. Наши ценности включают академическое превосходство, прорывные инновации, прикладную инженерную деятельность, сотрудничество, открытое общение, инклюзивность и равные возможности для всех.

• Мы решаем значительные научные вызовы, которые не могут быть решены в традиционных условиях.
• Мы даем возможность отдельным исследователям осуществлять самые дерзкие и инновационные идеи.
• Наши технологии облегчают исследовательские усилия для ученых и клиницистов как в наших партнерских учреждениях, так и по всему миру.

В CZ Biohub SF разнообразие мысли, идей и перспектив имеет первостепенное значение. Мы стремимся создать инклюзивную среду, в которой каждый член команды чувствует себя ценным и его вклад признан.

В качестве Software Engineer I вы будете отвечать за поддержку передового программного комплекса для хранения, обработки, анализа и визуализации крупномасштабных изображений методом светового листа. Используя новейшие технологии и библиотеки, такие как napari, Cupy, Dask, Zarr, scikit-image, PyTorch и другие, вы будете играть важную роль в наших исследовательских инициативах. Идеальные кандидаты будут знакомы с открытым программным обеспечением для отслеживания клеток Ultrack, иметь твердое понимание многомерной визуализации развития, особенно микроскопии светового листа, и страсть к открытому программному обеспечению и построению сообщества.

• Разрабатывать и внедрять высокоэффективные методы для 3D-сегментации и отслеживания клеток на данных микроскопии света.
• Писать и публиковать научные статьи в ведущих журналах и на конференциях.
• Создавать, документировать и поддерживать значимое открытое программное обеспечение для анализа изображений данных микроскопии света.
• Сотрудничать с межфункциональными командами в крупных проектах CZ Biohub.
• Помогать внутренним и внешним командам эффективно использовать наши программные инструменты.
• Укреплять связи с родительскими проектами, включая napari, zarr, dask и scikit-image.
• Сотрудничать в экосистеме CZ, включая CZI, CZII, CZB Chicago и CZB New York.

Необходимые

• Степень магистра по информатике (заканчиваемая или близкая к завершению), желательно со специализацией в компьютерном зрении, глубокого обучения и ИИ.
• Более 3 лет опыта в кодировании и разработке пайплайнов для обработки и анализа изображений.
• Более 6 лет опыта в сфере программной инженерии.
• Владение профессиональными концепциями и инструментами разработки программного обеспечения.
• Опыт программирования на таких языках, как C/C++, Java, Python, OpenCL и CUDA.
• Опыт работы с управлением многотерабайтными наборами данных.
• Опыт работы с флуоресцентной визуализацией.
• Доказанный опыт написания академических рукописей.
• Знакомство с библиотеками, такими как Numpy, SciPy, Dask, Cupy, Numba, scikit-image и napari.
• Экспертиза в обработке изображений для микроскопии и разработке моделей глубокого обучения в Tensorflow или PyTorch.
• Актуальный независимый исследовательский