Research assistant/PostDoc for WGS data analysis in the field of AMR - DTU Food

Чи маєте ви досвід у контролі якості та аналізі даних секвенування повного геному (WGS) бактеріальних ізолятів? Чи захоплюєтеся ви геномікою та антибіотикорезистентністю (AMR)? Якщо так, то Дослідницька група з розбудови глобальних можливостей (GloCaB) в DTU шукає талановитого біоінформатика. Ця посада передбачає роботу з ЄС, ВООЗ та ФАО як референтною лабораторією для AMR.

GloCaB надає консультативні послуги національним референтним лабораторіям та органам влади, міжнародним організаціям та агентствам. В рамках наших обов'язків ми надаємо:

• Консультативні послуги для державних та наднаціональних інституцій.
• Перевірку фенотипового та генотипового тестування на антибіотикорезистентність.
• Зовнішні схеми забезпечення якості (EQA) та тестування геномічної продуктивності (PT).

Ми співпрацюємо з дослідниками, клініцистами, ветеринарами та лабораторіями з усього світу, зосереджуючи увагу на WGS, геномному аналізі та AMR. Ми розбудовуємо можливості для нагляду за AMR в багатьох країнах зі середнім та низьким рівнем доходу.

Як наш новий колега, ваші основні області відповідальності включатимуть:

• Створення та підтримка конвеєрів на кластері HPC, розширення поточних за допомогою технології коротких зчитувань (Illumina) та включення технології довгих зчитувань (Oxford Nanopore).
• Обробка та аналіз WGS (технології довгих і коротких зчитувань) та метагеномних даних.
• Організація аналізу даних, написання звітів/манускриптів та створення графіків, що підсумовують основні висновки.
• Проведення презентацій результатів для ширшої аудиторії.
• Допомога в оцінці якості даних WGS для EQA та геномних PT.
• Проведення бенчмаркінгу інструментів, що видають результати аналізу WGS.
• Надання біоінформатичної підтримки, пов’язаної з геномами окремих ізолятів та аннотацією AMR.
• Підтримка та допомога в організації навчання та тренувань з WGS, включаючи контроль якості секвенування та різні завдання геномного аналізу.
• Здійснення іноді робочих поїздок.

Ідеальний кандидат на цю посаду повинен мати:

• Ступінь магістра з біоінформатики або еквівалент для наукового асистента; ступінь PhD з біоінформатики або еквівалент для постдока.
• Сильний досвід у мікробіології, молекулярній біології, генетиці та геномиці.

Необхідний досвід включає:

• Документований досвід в WGS бактеріальних ізолятів та подальшого біоінформатичного аналізу.
• Досвід контролю якості даних наступного та третього поколінь секвенування.
• Знання в області аннотації та типування генів бактеріальної Резистентністі до антибіотиків.