Kooperacyjne, Translacyjne Nauki o Danych

Opis firmy

W Biogen nasza misja jest jasna - jesteśmy pionierami w dziedzinie neurologii. Biogen odkrywa, rozwija i dostarcza na całym świecie innowacyjne terapie dla osób żyjących z ciężkimi chorobami neurologicznymi i neurodegeneracyjnymi. Wspólnie, nasi pracownicy tworzą, komercjalizują i produkują przełomowe terapie dla naszych pacjentów.

W Biogen zależy nam na budowaniu naszej kultury inkluzywności i przynależności, która odzwierciedla społeczności, w których działamy, i pacjentów, których obsługujemy. Skupiamy się na umocnieniu naszych podstaw w celu rozwinięcia naszej ogólnej strategii Równości, Sprawiedliwości i Inkluzywności (DE&I), ale najważniejsze jest dla nas, aby wszyscy nasi pracownicy czuli się zaangażowani.

Jako stażysta lub współpracownik w Biogen, możesz spodziewać się, że zostaniesz przydzielony do realnego projektu, pod kierunkiem doświadczonych profesjonalistów i ekspertów od spraw, którzy są zaangażowani w Twoją karierę i rozwój akademicki. Dajemy również gwarancję, że będziesz miał mnóstwo okazji do poszerzenia swojego networkingu, poznania więcej o naszej organizacji podczas cotygodniowych lunchów i spotkań prowadzonych przez liderów z całego przedsiebiorstwa, oraz że weźmiesz udział w kilku interesujących wydarzeniach.

Opis stanowiska

Podsumowanie

To ogłoszenie dotyczy 6-miesięcznej roli dla studenta od stycznia do czerwca 2024 r. Przeglądanie CV rozpocznie się w październiku 2023 r.

Naszym zespołem jest Translational Data Sciences. Naszym celem jest przeprowadzanie wysokiej jakości analiz obliczeniowych na zestawie danych genomics/transcriptomics, standaryzowanie potoków analizy danych NGS i praca nad najnowocześniejszymi narzędziami i technologiami obliczeniowymi. Pracujemy ściśle z wszystkimi zespołami odkrywczymi, aby przeprowadzić analizę obliczeniową zestawów danych NGS. Obejmuje to analizę DNAseq RNAseq, miRNAseq, snRNAseq w celu identyfikacji, angażowania i oceny celu.

Opis stanowiska

Jako współpracownik będziesz:

• Zastosować najnowocześniejsze modele uczenia głębokiego, takie jak transformery, do adnotacji typów komórek w danych pojedynczych komórek RNA-seq.
• Zapoznać się z serwerami i zestawami danych Biogen.
• Pisać kod w Python/bash do wykonania zadań.
• Przetwarzać publicznie dostępne zestawy danych scRNAseq za pomocą naszego wewnętrznego potoku pojedynczej komórki.
• Uczestniczyć w zaplanowanych spotkaniach zespoły co dwa tygodnie.
• Podawać co dwa tygodnie aktualizacje postępu.

Możliwe projekty mogą obejmować:

• Badanie i implementacja głębokich modeli uczenia dla adnotacji typów komórek w danych pojedynczych komórek RNAseq. Obecne metody adnotacji zmagają się z ograniczonymi listami genów znacznikowych i obsługą efektów batch, co utrudnia uogólnienie.
• scBERT, duża skala modelu transformatora oferuje zalety: 1) Może uczyć się skomplikowanych reprezentacji z danych bez heurystycznego inżynieringu cech w nienadzorowany sposób. 2) Może korzystać z wstępnie wytrenowanych modeli na dużych zestawach danych i doskonalić z etykietowanymi danymi odniesienia. 3) Może być stale aktualizowany dla dynamicznego dostosowania do nowych danych i wiedzy.
• Do adnotacji typu komórki, ramy transformatora można rozszerzyć na wiele innych zadań, takich jak integracja danych multiomics, analiza interakcji gen-gen i prognozowanie reakcji na zaburzenia.

Kwalifikacje

• Doświadczenie z AI/maszynowym rozwojem metod uczenia się lub zastosowaniem w naukach biologicznych.
• Doświadczenie z obliczeniową analizą pojedynczych komórek RNA-seq.
• Doświadczenie w kodowaniu w Python, Bash, R, i narzędziach do wizualizacji danych.

Aby wziąć udział w Programie Stażowym Biogen, studenci muszą spełniać następujące kryteria:

• Prawo do pracy w USA.
• Muszą mieć co najmniej 18 lat przed planowaną datą rozpoczęcia.
• Muszą być obecnie zapisani do uczelni akredytowanej.

Edukacja

Obecnie realizuje doktorat z biologii obliczeniowej lub pokrewnego dziedziny.

Dodatkowe informacje