Scientist, Computational Protein Design

Обзор компании:

Основанная Flagship Pioneering в 2021 году, компания Metaphore Biotechnologies стремится произвести революцию в открытии лекарств. Используя нашу передовую платформу MIMIC™, мы интегрируем машинное обучение с молекулярным мимикрированием для создания терапевтических средств, которые вызывают конкретные биологические реакции, нацеливая области, ранее считавшиеся недостижимыми. Недавно мы объявили о начале исследовательского сотрудничества на 600 миллионов долларов с компанией Novo Nordisk, целью которого является разработка препаратов нового поколения для управления ожирением.

Как предприятие компании Flagship Pioneering, Metaphore Biotechnologies обладает преимуществом инноваций, присоединяясь к числу успешных компаний, таких как Moderna Therapeutics (NASDAQ: MRNA), Editas Medicine (NASDAQ: EDIT), Omega Therapeutics (NASDAQ: OMGA) и многих других. Уникальный гипотезный подход Flagship способствовал созданию более 100 научных предприятий с 2000 года. В 2021 году Flagship была признана на глобальном уровне и заняла 12-е место в списке Fortune «Изменить мир» за ее положительное социальное и экологическое воздействие.

Metaphore Biotechnologies ищет увлеченного Учёного по компьютерному дизайну белков и машинному обучению, чтобы присоединиться к нашей динамичной команде. Эта роль включает работу на пересечении физического и машинного обучения для решения сложных задач по открытию и оптимизации терапевтических биомолекул. Как ключевой член команды моделирования, вы будете участвовать в таких задачах, как de novo дизайн, многопараметрическая оптимизация, обратное свёртывание и моделирование последовательно-структурно-функциональных отношений.

Тесное сотрудничество с доклиническими и платформенными командами Metaphore будет необходимо для оптимального развития молекул и определения обучающих и проверочных данных для разработки методов. Идеальный кандидат должен обладать солидным опытом в молекулярном моделировании, вычислительной биологии и передовыми техниками глубокого обучения.

• Разработка, внедрение и оценка методик структурного дизайна белков.
• Сотрудничество с доклинической командой для дизайна и оптимизации молекул в соответствии с целями терапевтических программ.
• Работа с платформенными учёными для определения и создания обучающих и проверочных данных для оптимального развития методов.
• Овладение последними достижениями в макромолекулярном моделировании и машинном обучении.

• Докторская степень в области вычислительной биологии, биоинженерии, компьютерных наук или смежных областей. Опыт работы после аспирантуры является преимуществом.
• Опыт в макромолекулярном моделировании, докинге и дизайне белков. Знание Rosetta является большим преимуществом; Опыт в молекулярной динамике будет плюсом.
• Опыт моделирования и дизайна антител или антителоподобных молекул.
• Экспертиза в современных инструментах глубокого обучения для дизайна белков, таких как AlphaFold2, RoseTTAFold, RFdiffusion.
• Опыт разработки моделей машинного обучения для дизайна белков или предсказания свойств белков.
• Знание современных архитектур глубокого обучения, включая модели диффузии, трансформеры и графовые нейронные сети.
• Знание Python и PyTorch.
• Опыт работы с Git, Docker, облачными вычислениями и лучшими практиками разработки программного обеспечения. Знание инструментов отслеживания ML экспериментов, регистров моделей и инструментов оркестрации рабочих процессов, таких как Nextflow, будет плюсом.
• Отличные коммуникативные, организационные и аналитические навыки.

В Flagship мы понимаем, что идеальные кандидаты не существуют. Если вы обладаете частью квалифика