Bioinformatician for WGS data analysis in the field of AMR - DTU Food

У вас есть опыт контроля качества данных полногеномного секвенирования (WGS) из бактериальных изолятов и желание внести вклад в прорывные исследования в области геномики и антимикробной резистентности (AMR)? Если да, то Исследовательская группа по глобальному развитию возможностей (GloCaB) в DTU Food хочет услышать вас!

Как референтная лаборатория по AMR в сотрудничестве с ЕС, ВОЗ и ФАО, GloCaB предоставляет:

• Консультационные услуги национальным референтным лабораториям, властям, международным учреждениям и агентствам
• Проверку фенотипической и генотипической антимикробной чувствительности
• Схемы внешней проверки качества (EQA) и тестов геномной квалификации (PT)

Мы работаем на глобальном уровне с исследователями, клиницистами, ветеринарами и пищевыми лабораториями, поддерживая их с помощью WGS, геномного анализа и экспертизы в области AMR. Мы привержены развитию возможностей для надзора за AMR в странах с низким и средним доходом.

Как наш новый биоинформатик, вы будете:

• Создавать и поддерживать конвейеры на кластере HPC, расширяя текущие для технологии короткого чтения (Illumina) и включая технологию длинного чтения (Oxford Nanopore)
• Обрабатывать и анализировать данные WGS и метагеномики (иногда)
• Организовывать анализ данных, писать отчеты / манускрипты и создавать сводные графики
• Представлять результаты различным аудиториям
• Оценивать качество данных WGS для и из EQA и геномных PT
• Сравнивать инструменты для анализа WGS
• Предоставлять поддержку в области биоинформатики для одиночных геномов изолятов и аннотации AMR
• Поддерживать и помогать в организации личных и онлайн-тренингов по WGS
• Иногда путешествовать по мере необходимости

Чтобы соответствовать этой волнующей возможности, вы должны иметь:

• Степень магистра по биоинформатике или аналогичную
• Сильный фонд в микробиологии, молекулярной биологии, генетике и геномике
• Документированный опыт WGS из бактериальных изолятов и биоинформатического анализа
• Экспертизу в контроле качества данных секвенирования следующего и третьего поколений
• Опыт управления данными, визуализации и статистического анализа
• Опыт работы с бактериальной AMR, включая аннотацию генов и типирование
• Опыт работы на кластерах HPC, предпочтительно Computerome
• Владение Bash, R или Python и Unix окружениями
• Опыт предоставления поддержки в области биоинформатики и обучения для небиоинформатиков
• Способность планировать и выполнять сложные задачи в соответствие с формальными требованиями и сроками
• Сильные коммуникативные навыки, свободный английский (устный и письменный)
• Знакомство с данными метагеномики и методами машинного обучения (предпочтительно, но не обязательно)

DTU является всемирно признанным техническим университетом, известным своими исследованиями, образованием, инновациями и научными консультациями. Мы предлагаем:

• Вознаграждающую и увлекательную работу в международной среде
• Возможность работать с экспертными коллегами
• Среду, характеризующуюся коллегиальным уважением и академической свободой с ответственностью

Узнайте больше о DTU на