Bioinformatician for WGS data analysis in the field of AMR - DTU Food

Чи маєте ви досвід у контролі якості даних повногеномного секвенування (WGS) з бактеріальних ізолятів і бажаєте зробити внесок в проривні дослідження в галузі геноміки та антимікробної резистентності (AMR)? Якщо так, то дослідницька група з нарощування глобального потенціалу (GloCaB) в DTU Food хоче почути від вас!

Як референтна лабораторія AMR у співпраці з ЄС, ВООЗ і ФАО, GloCaB надає:

• Консультаційні послуги для національних референтних лабораторій, органів влади, міжнародних установ та агентств
• Верифікацію фенотипового та генотипового тестування на антимікробну чутливість
• Схеми зовнішньої атестації якості (EQA) та профілактичні тестування на геноміку (PT)

Ми працюємо глобально з дослідниками, клініцистами, ветеринарами та харчовими лабораторіями, підтримуючи їх WGS, геномічним аналізом та експертизою AMR. Ми прагнемо нарощувати потенціал для моніторингу AMR в країнах з низьким та середнім рівнем доходу.

Як новий біоінформатик, ви будете:

• Створювати та підтримувати пайплайни на HPC кластері, розширюючи наявні для технології коротких прочитів (Illumina) та включаючи технологію довгих прочитів (Oxford Nanopore)
• Обробляти та аналізувати дані WGS та інколи метагеномні дані
• Організовувати аналіз даних, писати звіти/рукописи та створювати підсумкові графіки
• Презентувати результати різним аудиторіям
• Оцінювати якість даних WGS для та з EQA та геномних PT
• Відпрацьовувати інструменти для аналізу WGS
• Надавати біоінформатичну підтримку для окремих ізолятів геномів та анотації AMR
• Підтримувати та допомагати в організації очних та онлайн тренінгів з WGS
• Іноді подорожувати у разі потреби

Щоб мати право на цю захоплюючу можливість, ви повинні мати:

• Ступінь магістра з біоінформатики або еквівалент
• Сильний досвід у мікробіології, молекулярній біології, генетиці та геномиці
• Документований досвід у WGS бактеріальних ізолятів та біоінформатичному аналізі
• Експертиза у контролі якості даних з наступних та третіх поколінь секвенування
• Вміння керувати даними, візуалізацією та статистичним аналізом
• Досвід роботи з бактеріальним AMR, включаючи анотацію генів та типування
• Досвід роботи на HPC кластерах, бажано Computerome
• Навички у Bash, R або Python та Unix середовищах
• Досвід надання біоінформатичної підтримки та тренінгів для не біоінформатиків
• Здатність планувати та виконувати складні завдання у рамках формальних вимог та термінів
• Сильні комунікативні навички, володіння англійською мов