Bioinformatician for WGS data analysis in the field of AMR - DTU Food

Czy masz doświadczenie w kontroli jakości danych z sekwencjonowania całych genomów (WGS) izolatów bakteryjnych i chcesz przyczynić się do przełomowych badań w dziedzinie genomiki i oporności na środki przeciwdrobnoustrojowe (AMR)? Jeśli tak, Grupa Badawcza ds. Globalnego Rozwoju Kompetencji (GloCaB) na DTU Food chce Cię poznać!

Jako laboratorium referencyjne ds. AMR współpracując z UE, WHO, i FAO, GloCaB oferuje:

• Usługi doradcze dla krajowych laboratoriów referencyjnych, władz, instytucji międzynarodowych i agencji
• Weryfikację fenotypowych i genotypowych testów wrażliwości na środki przeciwdrobnoustrojowe
• Zewnętrzne zapewnienie jakości (EQA) i schematy testów biegłości genomowych (PT)

Współpracujemy globalnie z naukowcami, klinicystami, weterynarzami i laboratoriami spożywczymi, wspierając ich w zakresie WGS, analizy genomowej i wiedzy na temat AMR. Jesteśmy zaangażowani w budowanie zdolności do nadzoru nad AMR w krajach o niskim i średnim dochodzie.

Jako nasz nowy bioinformatyk będziesz:

• Tworzyć i utrzymywać potok na klastrze HPC, rozbudowując obecne dla technologii krótkiego odczytu (Illumina) i obejmując technologie długiego odczytu (Oxford Nanopore)
• Zarządzać i analizować dane WGS i metagenomiki (okazjonalnie)
• Organizować analizę danych, pisać raporty/manuskrypty i tworzyć podsumowujące wykresy
• Prezentować wyniki różnym odbiorcom
• Ocenić jakość danych WGS dla i od EQAs i genomicznych PTs
• Ocenić narzędzia do analizy WGS
• Zapewniać wsparcie bioinformatyczne dla pojedynczych izolatów genomów i anotacji AMR
• Wspierać i pomagać w organizacji kursów stacjonarnych i online z zakresu WGS
• Podróżować okazjonalnie w razie potrzeby

Aby kwalifikować się do tej ekscytującej możliwości, musisz mieć:

• Magistra bioinformatyki lub równoważne
• Silne podstawy w mikrobiologii, biologii molekularnej, genetyki i genomiki
• Udzielone doświadczenie w WGS izolatów bakteryjnych i analizie bioinformatycznej
• Znajomość kontroli jakości danych z sekwencjonowania następnej i trzeciej generacji
• Biegłość w zarządzaniu danymi, wizualizacji i analizie statystycznej
• Doświadczenie z bakteryjną AMR, w tym annotacją genów i typowaniem
• Doświadczenie pracy na klastrach HPC, najlepiej Computeromie
• Biegłość w Bash, R lub Python oraz środowiskach Unix
• Doświadczenie w zapewnianiu wsparcia bioinformatycznego i szkoleniowego osobom niebędącym bioinformatykami
• Umiejętność planowania i wykonywania skomplikowanych zadań w ramach formalnych wymagań i terminów
• Mocne umiejętności komunikacyjne, biegłość w języku angielskim (w mowie i piśmie)
• Znajomość danych metagenomicznych i technik uczenia maszynowego (preferowane, ale nie wymagane)

DTU jest globalnie uznanym uniwersytetem techn