Research assistant/PostDoc for WGS data analysis in the field of AMR - DTU Food

¿Tienes experiencia en control de calidad de datos de secuenciación del genoma completo (WGS) y análisis de aislamientos bacterianos? ¿Te apasiona la genómica y la resistencia a los antimicrobianos (AMR)? Si es así, el Grupo de Investigación para el Fortalecimiento de Capacidades Globales (GloCaB) en DTU está buscando a un talentoso bioinformático. Esta posición implica trabajar con la UE, la OMS y la FAO como laboratorio de referencia para AMR.

GloCaB ofrece servicios de asesoramiento a laboratorios nacionales de referencia y autoridades, instituciones y agencias internacionales. Como parte de nuestras responsabilidades, proporcionamos:

• Servicios de asesoramiento para instituciones gubernamentales y supranacionales.
• Verificación de pruebas de susceptibilidad antimicrobiana fenotípica y genotípica.
• Pruebas de aseguramiento de calidad externa (EQA) y esquemas de pruebas de competencia genómica (PT).

Colaboramos globalmente con investigadores, clínicos, veterinarios y laboratorios de alimentos, enfocándonos en WGS, análisis genómico y experiencia en AMR. Construimos capacidad para la vigilancia de AMR en varios países de ingresos bajos y medios.

Como nuestro nuevo colega, tus áreas de responsabilidad principales incluirán:

• Construcción y mantenimiento de pipelines en un clúster HPC, extendiendo las actuales desde la tecnología de lectura corta (Illumina) para incluir tecnología de lectura larga (Oxford Nanopore).
• Manejo y análisis de datos WGS (tecnologías de lectura larga y corta) y metagenómica.
• Organización de análisis de datos, redacción de informes/manuscritos y producción de gráficos que resuman los principales hallazgos.
• Presentación de resultados oralmente a una audiencia más amplia.
• Asistencia en la evaluación de la calidad de los datos WGS para EQAs y PTs genómicos.
• Realización de pruebas comparativas de herramientas que proporcionan resultados de análisis de WGS.
• Proporcionar soporte bioinformático relacionado con genomas de aislados individuales y anotación de AMR.
• Apoyo y asistencia en la organización de enseñanza y capacitación en WGS, incluido el control de calidad de la secuenciación y varias tareas de análisis genómico.
• Viajar ocasionalmente para actividades relacionadas con el trabajo.

El candidato ideal para esta posición deberá poseer:

• Un título de Maestría en bioinformática o equivalente para Asistente de Investigación; un título de Doctorado en bioinformática o equivalente para Postdoc.
• Una sólida formación en microbiología, biología molecular, genética y genómica.

La experiencia esencial incluye:

• Experiencia documentada en WGS de aislados bacterianos y análisis bioinformático subsiguiente.
• Experiencia con el control de calidad de datos de secuenciación de próxima y tercera generación.
• Conocimiento en la anotación y tipado de genes AMR bacterianos.
• Experiencia trabajando en clústeres HPC, preferiblemente con Computerome.
• Competencia en Bash, R o Python.
• Experiencia en proporcionar soporte bioinformático a personas no bioinformáticas y en capacitarlas.
• Capacidad para planificar y ejecutar tareas según requisitos y cronogramas formales.
• Excelentes habilidades de comunicación en inglés, tanto oral como escrito.

Habilidades adicionales que son un plus incluyen familiaridad con análisis de datos metagenómicos y técnicas de aprendizaje automático.

DTU es una universidad técnica reconocida globalmente por su excelencia en investigación, educación, innovación y asesoramiento científico. Ofrecemos un trabajo gratificante y desafiante en un entorno internacional y colaborativo.

Te beneficiarás de:

• Oportunidades para trabajar con expertos en tu campo.
• Excelencia académica en un entorno caracterizado por el respeto colegial y la libertad académica.