Research assistant/PostDoc for WGS data analysis in the field of AMR - DTU Food

Czy posiadasz doświadczenie w kontroli jakości danych sekwencjonowania całogenomowego (WGS) oraz analizie izolatów bakteryjnych? Czy pasjonują Cię genomika i oporność na środki przeciwdrobnoustrojowe (AMR)? Jeśli tak, Grupa Badawcza ds. Budowania Globalnych Zdolności (GloCaB) na DTU poszukuje utalentowanego bioinformatyka. Ta pozycja wiąże się z pracą z UE, WHO i FAO jako laboratorium referencyjne ds. AMR.

GloCaB oferuje usługi doradcze dla krajowych laboratoriów referencyjnych i władz, instytucji międzynarodowych i agencji. W ramach naszych obowiązków zapewniamy:

• Usługi doradcze dla instytucji rządowych i ponadnarodowych.
• Weryfikację fenotypowych i genotypowych testów wrażliwości na antybiotyki.
• Zewnętrzną kontrolę jakości (EQA) i schematy testów kompetencji genomicznych (PT).

Współpracujemy globalnie z naukowcami, klinicystami, weterynarzami i laboratoriami spożywczymi, skupiając się na WGS, analizie genomowej i wiedzy na temat AMR. Budujemy zdolności do nadzoru nad AMR w wielu krajach o niskich i średnich dochodach.

Jako nasz nowy kolega, twoje główne obowiązki będą obejmować:

• Tworzenie i utrzymywanie ścieżek na klastrze HPC, rozbudowa istniejących od technologii krótkiego odczytu (Illumina) do technologii długiego odczytu (Oxford Nanopore).
• Obsługa i analiza danych WGS (technologie długiego i krótkiego odczytu) oraz dane metagenomiczne.
• Organizowanie analiz danych, pisanie raportów/manuskryptów i tworzenie wykresów podsumowujących główne wyniki.
• Prezentowanie wyników ustnie szerokiej publiczności.
• Pomoc w ocenie jakości danych WGS dla EQAs i genomicznych PTs.
• Benchmarking narzędzi generujących wyniki analizy WGS.
• Wsparcie bioinformatyczne związane z genomami pojedynczych izolatów i annotacją AMR.
• Wsparcie i pomoc w organizacji nauczania i szkolenia w zakresie WGS, w tym kontroli jakości sekwencjonowania i różnych zadań analizy genomowej.
• Okazyjne podróże w ramach obowiązków zawodowych.

Idealny kandydat na to stanowisko powinien posiadać:

• Tytuł magistra w dziedzinie bioinformatyki lub równoważny dla Asystenta Badawczego; stopień doktora w dziedzinie bioinformatyki lub równoważny dla Postdoca.
• Silne podstawy w mikrobiologii, biologii molekularnej, genetyce i genomice.

Kluczowe umiejętności:

• Udokumentowane doświadczenie w WGS izolatów bakteryjnych i późniejszej analizie bioinformatycznej.
• Doświadczenie w kontroli jakości danych sekwencjonowania następnej i trzeciej generacji.
• Wiedza w zakresie annotacji genów AMR i typowaniu.
• Doświadczenie w pracy na klastrach HPC, najlepiej z Computerome.
• Biegłość w Bash, R lub Python.
• Doświadczenie w dostarczaniu wsparcia bioinformatycznego osobom niebędącym bioinformatykami oraz w ich szkoleniu.
• Umiejętność planowania i wykonywania zadań zgodnie z wymogami formalnymi i