Research assistant/PostDoc for WGS data analysis in the field of AMR - DTU Food

Avez-vous une expertise en contrôle de la qualité des données de séquençage complet du génome (WGS) et analyse d'isolats bactériens ? Êtes-vous passionné par la génomique et la résistance aux antimicrobiens (AMR) ? Si oui, le Groupe de Recherche pour le Renforcement des Capacités Globales (GloCaB) au DTU recherche un bioinformaticien talentueux. Ce poste implique de travailler avec l'UE, l'OMS et la FAO en tant que laboratoire de référence pour l'AMR.

GloCaB offre des services de conseil aux laboratoires de référence nationaux et aux autorités, ainsi qu'aux institutions et agences internationales. Dans le cadre de nos responsabilités, nous fournissons :

• Des services de conseil pour les institutions gouvernementales et supranationales.
• La vérification des tests de sensibilité antimicrobienne phénotypiques et génotypiques.
• Des schémas d'assurance qualité externe (EQA) et des tests de compétence génomique (PT).

Nous collaborons à l'échelle mondiale avec des chercheurs, des cliniciens, des vétérinaires et des laboratoires alimentaires, en nous concentrant sur le WGS, l'analyse génomique et l'expertise en AMR. Nous renforçons les capacités de surveillance de l'AMR dans plusieurs pays à revenu faible et intermédiaire.

En tant que notre nouveau collègue, vos principaux domaines de responsabilité incluront :

• Construire et maintenir des pipelines sur un cluster HPC, en étendant les actuels à partir de la technologie de lecture courte (Illumina) pour inclure la technologie de lecture longue (Oxford Nanopore).
• Gérer et analyser les données WGS (technologies de lecture longue et courte) et les données de métagénomique.
• Organiser l'analyse des données, rédiger des rapports/manuscrits, et produire des graphiques résumant les principales conclusions.
• Présenter oralement les résultats à un public plus large.
• Aider à l'évaluation de la qualité des données WGS pour les EQA et les PT génomiques.
• Réaliser des benchmarks des outils produisant des résultats d'analyse WGS.
• Fournir un support bioinformatique en lien avec les génomes d'isolats uniques et l'annotation AMR.
• Soutenir et aider à l'organisation de l'enseignement et de la formation au WGS, y compris le contrôle de la qualité du séquençage et diverses tâches d'analyse génomique.
• Voyager occasionnellement pour des activités liées au travail.

Le candidat idéal pour ce poste devrait posséder :

• Un Master en bioinformatique ou équivalent pour un assistant de recherche ; un doctorat en bioinformatique ou équivalent pour un postdoc.
• Un solide bagage en microbiologie, biologie moléculaire, génétique et génomique.

Les compétences essentielles comprennent :

• Une expérience documentée en WGS d'isolats bactériens et en analyse bioinformatique ultérieure.
• Une expérience avec le contrôle de la qualité des données de séquençage de nouvelle et de troisième génération.
• Des connaissances en annotation et typage des gènes AMR bactériens.
• Une expérience de travail sur des clusters HPC, de préférence avec Computerome.
• Maîtrise de Bash, R, ou Python.
• Une expérience dans l'apport de support bioinformatique à des non-bioinformaticiens et dans leur formation.
• La capacité à planifier et exécuter des tâches selon des exigences et délais formels.
• Excellentes compétences en communication en anglais, à l'oral et à l'écrit.

Des compétences supplémentaires appréciées incluent une familiarité avec l'analyse des données métagénomiques et les techniques d'apprentissage automatique.

DTU est une université technique reconnue mondialement pour son excellence en recherche, éducation