Research assistant/PostDoc for WGS data analysis in the field of AMR - DTU Food

У вас есть опыт в контроле качества данных полномасштабного секвенирования генома (WGS) и анализа из бактериальных изолятов? Вы увлечены геномикой и антимикробной устойчивостью (AMR)? Если да, то Исследовательская группа по глобальному наращиванию потенциала (GloCaB) в DTU ищет талантливого биоинформатика. Эта должность включает работу с ЕС, ВОЗ и ФАО в качестве референс-лаборатории по AMR.

GloCaB предлагает консультативные услуги национальным референтным лабораториям и властям, международным институтам и агентствам. Часть наших обязанностей включает:

• Консультативные услуги для государственных и надгосударственных институтов.
• Верификация фенотипического и генотипического тестирования на антимикробную устойчивость.
• Внешняя оценка качества (EQA) и схемы тестирования на геномную эффективность (PT).

Мы сотрудничаем с исследователями, клиницистами, ветеринарами и лабораториями по всему миру, сосредотачивая внимание на WGS, геномном анализе и AMR. Мы наращиваем потенциал для мониторинга AMR в ряде стран с низким и средним уровнем дохода.

В качестве нашего нового коллеги ваши основные области ответственности будут включать:

• Создание и поддержка конвейеров на высокопроизводительном вычислительном кластере (HPC), расширение текущих от технологий короткого чтения (Illumina) до включения технологий длинного чтения (Oxford Nanopore).
• Обработка и анализ данных WGS (технологии длинного и короткого чтения) и данные метагеномики.
• Организация анализа данных, написание отчетов / статей и создание графиков, обобщающих основные результаты.
• Презентация результатов устно для широкой аудитории.
• Помощь в оценке качества данных WGS для EQA и геномных PT.
• Проведение сравнительного анализа инструментов, выдающих результаты WGS анализа.
• Предоставление биоинформатической поддержки, связанной с геномами отдельных изолятов и аннотацией AMR.
• Поддержка и помощь в организации обучения и тренинга по WGS, включая контроль качества секвенирования и различные задачи геномного анализа.
• Периодические рабочие поездки.

Идеальный кандидат на эту должность должен обладать:

• Магистерской степенью в области биоинформатики или эквивалентной для научного сотрудника; степенью PhD в области биоинформатики или эквивалентной для постдокторанта.
• Глубокими знаниями в микробиологии, молекулярной биологии, генетике и геномике.

Основные компетенции включают:

• Документированный опыт в WGS бактериальных изолятов и последующий биоинформатический анализ.
• Опыт в контроле качества данных секвенирования нового и третьего поколений.
• Знание в области аннотации и типирования генов AMR у бактерий.
• Опыт работы на HPC кластерах, предпочтительно с Computerome.
• Умение работать с Bash, R, или Python.
• Опыт предоставления биоинформатической поддержки для специалистов не в области биоинформатики и их обучения.
• Способность планировать и выполнять задачи в соответствии с формальными требованиями и сроками.
• Отличные навыки общения на английском языке, как устные, так и письменные.

Дополнительные навыки, которые приветствуются, включают знакомство с анализом данных метагеномики и методами машинного обучения.

DTU