Инженер по биоинформатическим данным II

Резюме компании:

Arana Biosciences - одна из недавно созданных компаний при помощи создания венчурных проектов Flagship Pioneering, которое породило такие компании, как Moderna Inc. и Indigo Ag. С момента создания Flagship в 2000 году, они зародили и вырастили почти 100 научных венчурных проектов, общая стоимость которых превышает 19 миллиардов долларов, им было выдано более 500 патентов, и было проведено более 50 клинических испытаний новых лечебных средств. Arana Biosciences соединяет последние достижения в молекулярной и растительной биологии для разработки новой платформенной технологии, предлагающей адаптивные, целевые и устойчивые решения в сельском хозяйстве.

Инженер по данным II, Биоинформатика

Ключевые обязанности: 

• Проектирование, разработка и администрирование систем баз данных для самостоятельного изучения данных биологами.
• Автоматизация процессов получения и хранения данных в электронных лабораторных журналах (ELN), таких как Benchling.
• Работа в команде ученых по автоматизации пайплайнов анализа данных и созданию инфраструктуры данных.
• Создание, вклад и активное распространение стандартов и практик инженерии данных, формирование повторяемых шаблонов и схем, эффективное использование облачных сервисов и инструментов.
• Своевременное информирование научной команды и высшего руководства о прогрессе и полученных результатов.

Минимальные квалификационные требования 

• Бакалавр или магистр в области компьютерных наук или смежной области и более 3 лет опыта работы в индустрии.
• Значительный опыт работы с технологиями баз данных, архитектурой и управлением.
• Владение скриптовыми языками, такими как Python, R, SQL, и инструментами контроля версий.
• Понимание концепции и создания материалов для проектирования пользовательского интерфейса.
• Практические знания сервисов AWS, включая EC2, S3, RDS, FSx Lustre, Athena, Glue, Lambda, Batch.
• Понимание жизненного цикла приложений, включая наилучшие практики, такие как ревью кода, тестирование на уровне модуля/интеграции и документирование.
• Способность проектировать и реализовывать модели на основе логики и API конечных точек для сложных научных рабочих потоков/объектов (например, Benchling).
• Адаптивность, креативность и быстрота обучения, эффективность в многозадачности и устранении неполадок.
• Подтвержденная способность успешно работать в межфункциональных и командах третьих сторон с акцентом на командную работу, сотрудничество и общение.
• Опыт работы с фреймворками оркестровки рабочих потоков, такими как Nextflow, Snakemake, Airflow, или AWS Step Functions.

Предпочтительные квалификационные требования 

• Опыт разработки NGS пайплайнов с применением вирусологии, патологии, молекулярной биологии или аналогичных наборов данных.
• Способность проектирования и реализации разнообразных программных платформ через API фреймворк.
• Знакомство с пайплайнами непрерывной интеграции/непрерывного развертывания (CI/CD).
• Опыт работы с инструментами для визуализации данных, такими как Tableau, Spotfire или Retool.

Место работы: Cambridge, MA

Более подробно о компании Flagship Pioneering

Flagship Pioneering генерирует идеи, создает, финансирует и развивает первые в своем роде компании в области биологии, изменяющие здоровье человека и устойчивость. С момента своего основания в 2000 году компания через Flagship Labs применила свой уникальный процесс инноваций, основанный на гипотезах, для создания и поддержки более 100 научных проектов, что привело к общей стоимости более чем 50 миллиардов долларов. На данный момент Flagship инвестировала более 2,2 миллиардов долларов в создание и развитие своих новаторских компаний, плюс более 18 миллиардов долларов последующих инвестиций от других институтов. В настоящее время экосистема Flagship состоит из новаторских компаний, включая Seres Therapeutics (NASDAQ: MCRB), Indigo Ag, Invaio Sciences, Moderna (NASDAQ: MRNA), Generate Biomedicines, Denali Therapeutics (NASDAQ: DNLI), Senda Biosciences и Foghorn Therapeutics (NASDAQ: FHTX).