Post Doctoral Fellow (Computational Biology/Computer Science)

Streszczenie pracy:

Szukamy wysoce wykwalifikowanego Doktoranta specjalizującego się w Biologii Obliczeniowej lub Informatyce, który dołączy do naszego Laboratorium Biologii Rozrodu w Sidra Medicine. To stanowisko jest częścią naszego Wydziału Zdrowia Reprodukcyjnego i Perinatalnego, koncentrując się zarówno na podstawowych, jak i translacyjnych aspektach biologii rozrodu. Nasze interdyscyplinarne badania mają na celu odkrycie nowych mechanizmów regulujących gametogenezę, zapłodnienie i wczesny rozwój, przy użyciu systemów modelowych, w tym ryb danio pręgowany, myszy i ludzi.

Naszym ostatecznym celem jest przekształcenie podstawowych odkryć naukowych w innowacyjne narzędzia dla pacjentów w trakcie zapłodnienia in vitro (IVF). Wybrany kandydat będzie ściśle współpracował z programem IVF i specjalistami ds. płodności w Sidra Medicine. Stosując podejścia multidyscyplinarne, zidentyfikujesz nowe geny i warianty wpływające na kluczowe mechanizmy reprodukcyjne.

• Przeprowadzanie kompleksowej analizy danych genomowych, transkryptomicznych (bulk i pojedyncze komórki), epigenetycznych i proteomicznych.
• Współpraca z prowadzącymi jednostki podstawowe i bioinformatyczne.
• Opracowywanie nowych metod obliczeniowych i linii analizy przy użyciu narzędzi takich jak Bpipe, Nexflow i Snakemake.
• Tworzenie niestandardowych skryptów w R/Python do analizy i wizualizacji danych.
• Przeprowadzanie zintegrowanej analizy danych multi-omics.
• Pisanie i publikowanie wysokiej jakości artykułów w recenzowanych czasopismach.
• Regularne aktualizowanie stanu projektów.
• Angażowanie się w budowanie wiedzy i kompetencji pracowników naukowych.
• Edukacja techników medycznych i klinicystów w zakresie postępów w dziedzinie.
• Uczestniczenie w procesach rozwoju zawodowego i oceny doktorantów.

Wykształcenie:

Niezbędne: Doktorat w dziedzinie pokrewnej.

Preferowane: Doktorat w naukach przyrodniczych, informatyce, bioinformatyce lub pokrewne.

Doświadczenie:

• Udokumentowane umiejętności prowadzenia niezależnych badań.
• Silne umiejętności organizacyjne i współpracy w zespole.
• Doświadczenie badawcze w ośrodku akademickim zdrowia lub na uniwersytecie o wysokiej aktywności badawczej.
• Dobra historia publikacji naukowych i mocne referencje.

Preferowane:

• Solidna znajomość konceptów biologicznych.
• Rozległe doświadczenie w analizie genomów.
• Biegłość w analizie danych transkryptomicznych i innych NGS.
• Silna wiedza statystyczna, w tym statystyki genetyczne.
• Biegłość w programowaniu w Pythonie i/lub R.
• Doświadczenie w środowiskach HPC, komendach Linuxa i systemach kontroli wersji takich jak Git.
• Znajomość narzędzi do zarządzania pipeline'ami (Bpipe, Snakemake, Nextflow).
• Poprzednie doświadczenie w genetyce populacyjnej, uczeniu maszynowym, analizie multi-omics lub analizie danych publicznych.
• Co