Software Engineer - Royer Group

Le Chan Zuckerberg Biohub San Francisco (CZ Biohub SF) est un institut de recherche indépendant et pionnier à but non lucratif. Nous unissons l'expertise de Stanford, UC Berkeley et UC San Francisco pour alimenter une technologie innovante et des découvertes révolutionnaires. Notre mission est de soutenir des ingénieurs, des data scientists et des chercheurs biomédicaux de premier plan dans la découverte des mécanismes des maladies et le développement de diagnostics et de thérapies révolutionnaires. Nos valeurs mettent l'accent sur l'excellence académique, l'innovation perturbatrice, l'ingénierie pratique, la collaboration, la communication ouverte, l'inclusivité et l'égalité des chances pour tous.

• Nous relevons des défis scientifiques importants que les environnements conventionnels ne peuvent pas aborder.
• Nous habilitons les chercheurs individuels à poursuivre leurs idées les plus audacieuses et innovantes.
• Nos technologies facilitent les efforts de recherche pour les scientifiques et les cliniciens tant au sein de nos institutions partenaires qu'à l'échelle mondiale.

Chez CZ Biohub SF, la diversité de pensée, d'idées et de perspectives est primordiale. Nous nous engageons à favoriser un environnement inclusif où chaque membre de l'équipe se sent valorisé et ses contributions sont reconnues.

En tant qu'ingénieur logiciel I, vous serez responsable de la maintenance d'une suite logicielle de pointe pour le stockage, le traitement, l'analyse et la visualisation d'images à grande échelle de microscopie par feuille de lumière. En utilisant les dernières technologies et bibliothèques - telles que napari, Cupy, Dask, Zarr, scikit-image, PyTorch, et plus encore - vous jouerez un rôle vital dans nos initiatives de recherche. Les candidats idéaux auront une familiarité avec le logiciel de suivi cellulaire open-source Ultrack, une solide compréhension de l'imagerie développementale multidimensionnelle, en particulier la microscopie par feuille de lumière, et une passion pour les logiciels open-source et la création de communautés.

• Innover et développer des méthodes hautement efficaces pour la segmentation 3D des cellules et le suivi des données de microscopie par feuille de lumière à grande échelle.
• Rédiger et publier des articles de recherche dans des revues et des conférences de premier plan.
• Créer, documenter et maintenir des logiciels open-source impactants pour l'analyse d'images de jeux de données de microscopie par feuille de lumière.
• Collaborer avec des équipes interfonctionnelles sur des projets de haut niveau au CZ Biohub.
• Aider les équipes internes et externes à utiliser efficacement nos outils logiciels.
• Renforcer les liens avec les projets en amont, y compris napari, zarr, dask, et scikit-image.
• Collaborer au sein de l'écosystème CZ, y compris CZI, CZII, CZB Chicago et CZB New York.

Essentiel

• Diplôme de master en informatique (terminé ou en cours d'achèvement), idéalement avec une spécialisation en vision par ordinateur, apprentissage profond, et IA.
• 3+ années d'expérience en codage et développement de pipelines de traitement et d'analyse d'images.
• 6+ années d'expérience en ingénierie logicielle.
• Maîtrise des concepts et outils de développement logiciel professionnel.
• Expérience en programmation dans des languages tels que C/C++, Java, Python, OpenCL et CUDA.
• Expérience dans la gestion de jeux de données multi-téraoctets.
• Expérience en imagerie par fluorescence.
• Historique prouvé de rédaction de manuscrits académiques.
• Familiarité avec des bibliothèques telles que Numpy, SciPy, Dask, Cupy, Numba, scikit-image et napari.
• Expertise en traitement d'images pour microscopie et conception de modèles d'apprentissage profond dans Tensorflow ou PyTorch.
• Expérience pertinente en recherche indépendante.

Veuillez noter que tous les employés, contractuels et stagiaires du Chan Zuckerberg Biohub doivent présenter une preuve de vaccination complète contre le COVID-19, y compris une dose de rappel si élig