Software Engineer - Royer Group

Chan Zuckerberg Biohub San Francisco (CZ Biohub SF) to pionierski, niezależny instytut badawczy typu nonprofit. Łączymy wiedzę fachową z Uniwersytetów Stanford, UC Berkeley i UC San Francisco, aby napędzać innowacyjne technologie i przełomowe odkrycia. Naszą misją jest wspieranie najlepszych inżynierów, naukowców danych i badaczy biomedycznych w odkrywaniu mechanizmów chorób oraz rozwijaniu rewolucyjnych diagnostyk i terapii. Nasze wartości podkreślają doskonałość naukową, przełomowe innowacje, praktyczne inżynierstwo, współpracę, otwartą komunikację, integrację i równe szanse dla wszystkich.

• Zajmujemy się znaczącymi wyzwaniami naukowymi, których nie można rozwiązać w tradycyjnych środowiskach.
• Umożliwiamy indywidualnym badaczom realizację ich najbardziej śmiałych i innowacyjnych pomysłów.
• Nasze technologie wspierają wysiłki badawcze naukowców i klinicystów zarówno w obrębie naszych instytucji partnerskich, jak i na całym świecie.

W CZ Biohub SF, różnorodność myśli, pomysłów i perspektyw jest kluczowa. Jesteśmy zaangażowani w tworzenie środowiska, w którym każdy członek zespołu czuje się doceniony, a jego wkład jest uznawany.

Jako Inżynier Oprogramowania I będziesz odpowiedzialny za utrzymanie nowoczesnego pakietu oprogramowania do przechowywania, przetwarzania, analizy i wizualizacji obrazów z mikroskopii światła strukturalnego na dużą skalę. Korzystając z najnowszych technologii i bibliotek—takich jak napari, Cupy, Dask, Zarr, scikit-image, PyTorch i inne—odegrasz kluczową rolę w naszych inicjatywach badawczych. Idealni kandydaci będą zaznajomieni z oprogramowaniem open source do śledzenia komórek Ultrack, będą mieli solidne zrozumienie wielowymiarowej mikroskopii rozwojowej, zwłaszcza mikroskopii światła strukturalnego, oraz pasję do oprogramowania open source i budowania społeczności.

Obowiązki

• Innowacja i rozwój wysoce efektywnych metod segmentacji i śledzenia komórek 3D w danych z mikroskopii światła strukturalnego na dużą skalę.
• Autorstwo i publikacja artykułów badawczych w czołowych czasopismach i na konferencjach.
• Tworzenie, dokumentowanie i utrzymanie znaczącego oprogramowania open source do analizy obrazów z mikroskopii światła strukturalnego.
• Współpraca z wielofunkcyjnymi zespołami nad najważniejszymi projektami w CZ Biohub.
• Wsparcie zarówno wewnętrznych, jak i zewnętrznych zespołów w efektywnym wykorzystaniu naszych narzędzi programowych.
• Wzmacnianie więzi z projektami nadrzędnymi, w tym napari, zarr, dask i scikit-image.
• Współpraca w ekosystemie CZ, w tym z CZI, CZII, CZB Chicago i CZB Nowy Jork.

Kwalifikacje

Nieodzowne

• Tytuł magistra w dziedzinie Informatyki (ukończony lub na ukończeniu), najlepiej ze specjalizacją w wizji komputerowej, uczeniu głębokim i AI.
• Ponad 3 lata doświadczenia w tworzeniu i rozwijaniu pipeline'ów do przetwarzania i analizy obrazów.
• Ponad 6 lat doświadczenia w inżynierii oprogramowania.
• Biegłość w koncepcjach i narzęd